Sie finden die Fakten auf der offiziellen Vmware Knowledge Base in folgendem Artikel:
https://kb.vmware.com/selfservice/microsites/search.do?language=en_US&cmd=displayKC&externalId=2096762
Windows Deduplizierung beschreibt das gesamte Volumen der VM, was folgende Konsequenzen hat
a. Die Deduplizierung reserviert das gesamte Volume
b. Die Deduplizierung gibt auch per Cleanup den reservierten Platz nicht frei
Deutlich wird das auch in diesem Artikel der Vmware Community:
https://communities.vmware.com/thread/477341
Das in dem Backup Protokoll sichtbare Verhalten (die VMDK wird komplett gesichert) ist somit unvermeidbar.